在《百年孤独》中，军人对阿尔卡蒂奥第二视而不见的原因与 时间断裂和 房间状态有关。具体解释如下：

时间断裂：

小说中提到，时间在那个屋子里断裂了。这意味着在某个时刻，时间失去了连续性，导致过去和现在的状态共存。因此，家里人看到的是梅尔吉亚德斯时代屋子干净整洁的状态，而军官和上校则看到了屋子凌乱破败的真相。

房间状态：

阿尔卡蒂奥第二身处梅尔吉亚德斯时代的屋子，由于时间的断裂，他处于一个被隐藏的状态。军官并没有看到他，因为他所看到的是屋子凌乱破败的一面，而阿尔卡蒂奥第二则被认为是这个混乱状态的一部分。

此外，军官对便盆的特别关注也暗示了其他房间的状态。72个便盆的存在和状态表明这个房间已经很久没有人居住，这与阿尔卡蒂奥第二被隐藏的情况相吻合。军官的言行也反映出他并没有意识到阿尔卡蒂奥第二的存在，而是专注于其他更明显的迹象。

综上所述，军人对阿尔卡蒂奥第二视而不见的原因主要是由于时间的断裂和房间状态的混乱，导致他们无法看到阿尔卡蒂奥第二的存在。