圆明园的十二生肖兽首铜像现存九尊，原因如下：

一、流失海外的兽首

鼠首、牛首、虎首、兔首、马首、猴首、猪首七尊已回归中国

这七尊兽首分别于2000年、2003年、2007年被中国爱国人士抢救回国，现收藏于保利美术馆。其中鼠首和兔首由法国PPR集团捐赠并送回中国。

龙首现存于台湾

龙首保存完好，现存于中国台湾。

二、下落不明的兽首

蛇首、羊首、鸡首、狗首四尊至今未找到

这四尊兽首在英法联军焚毁圆明园时流失海外，目前没有可靠线索表明其具体去向。

三、历史背景补充

流失原因

十二生肖兽首是圆明园海晏堂外喷泉的一部分，象征“四海一家”“天下太平”。1860年英法联军侵华时被掠夺，部分兽首通过拍卖流失海外，部分被民间收藏家购得后上交国家。

文物价值

十二生肖铜像不仅是圆明园造园艺术的精华，也是中国古代青铜铸造技术的代表，具有极高的历史与艺术价值。

综上，圆明园十二生肖兽首现存九尊，主要因三尊流失海外，四尊下落不明所致。