制药工程考研的难度主要在于 数学、 物理和 化学等科目。具体来说：

数学：

数学是制药工程考研的基础科目，要求学生具备较强的数学思维和解题能力。数学一通常包括高等数学、线性代数和概率论等内容，竞争非常激烈，需要有扎实的数学基础和良好的学习能力。

物理：

物理是制药工程考研的重要科目，考生需要具备较好的物理基础，才能更好地把握考研中的相关知识。

化学：

化学也是制药工程考研的重要科目，涉及有机化学、分析化学、生理学、生物化学等，考生需要具备较好的化学基础。

此外，英语和政治也是考研的重要科目，但相对来说，英语的难度可能因个人基础而异，而政治则重在逻辑推理，需要弄懂原理才能拿到分。

综合以上信息，可以得出结论：制药工程考研的难度较大，需要学生付出较多的努力和时间来准备，尤其是在数学、物理和化学等科目上。建议考生提前规划，制定详细的复习计划，并密切关注考试动态，做好充分的准备。