考研标记卷的处理方法如下：

核对题号

确保标记卷上的题号与答题卡上的对应题号一致。

规范作答

答题时避免在试卷或答题卡上做任何不必要的标记，保持卷面整洁。

提交试卷

将标记卷与答题卡一同交卷，确保没有遗漏。

诚信考试

遵守考试纪律，诚信考试，避免任何形式的作弊行为。

成绩核实

如果发现试卷被标记，可以联系相关教育部门或报考学校进行咨询和核实。

注意标记规则

如果标记是为了突出答案或方便阅卷老师看清楚，并且不是特殊标记，一般不会被视为标记卷。

避免使用过多、过大、过乱的标记，以及具有特殊含义的标记。

备用卷使用

如果考生因故需要使用备用卷，应确保有备用卷的条形码，并在装订时将正常卷与备用卷一同装订。

通过以上步骤，可以有效处理考研标记卷，确保考试的公正性和准确性。