自考本科毕业生在考研时，需要按照以下步骤处理档案问题：

取得自考本科毕业证

在办理完毕业手续并领取毕业证书的同时，会获得毕业证书及学籍档案材料原件，包括自考毕业生登记表、审定表等。

报名和现场确认

自考本科毕业生可以直接报考研究生，在报名期间内登录研究生报名系统填写相关信息，并进行现场确认。

档案处理

存放档案：自考毕业后，应尽快将自考档案拿到原存档人才市场进行材料合并，确保档案的完整性和封存性。如果自考档案未封存，需要先联系自考办或主考院校进行密封处理，然后再进行合并保存。

档案调出方式：一般有两种，一是自带形式（入学报到时一并带到录取学校），二是单位与单位交接形式（由原档案管理单位密封邮寄或电子文件转移）。

考研报名

在网上报名时填写档案所在地，并确保档案真实有效。

档案转移

联系原自考办提供研究生录取通知书，以便办理档案转移手续。在档案转移过程中，保持与原自考办和研究生院校的沟通，确认档案状态。

档案保管

确认档案存放单位名称和地址，以备将来使用。档案不能由个人保管，必须存放在有档案管理权的单位，如国企、事业单位或人才中心。

注意事项

档案开封会导致失去法律效力，因此务必确保档案在转移过程中保持密封。研究生政审可能需要提取个人档案，确保档案材料齐全。录取后，学校会根据提供的地址调取档案，考生需确保地址正确，档案已妥善存放。

通过以上步骤，自考本科毕业生可以顺利处理考研相关的档案问题，确保考研报名和录取过程的顺利进行。